Dansk Sejlunions organisatoriske arbejde deles mellem den politisk valgte bestyrelse og den daglige driftsorganisation. 

Denne opdeling blev etableret ved en generalforsamlings-beslutning i 2005, hvor man vedtog at skabe en mere dynamisk og handlekraftig organisation.

Her har driftsorganisationen (=medarbejderne på sekretariatet) - eventuelt i samarbejde med frivillige i projektgrupper - ansvaret for gennemførelsen af de konkrete opgaver og aktiviteter, som bestyrelsen udstikker i forhold til de vedtagne strategiplaner.

I følge Dansk Sejlunions vedtægter skal der være to faste udvalg, nemlig Ordensudvalget og Appel- og Regeludvalget.

Derudover er en lang række danskere engageret i internationalt arbejde på mange forskellige niveauer.